Hendrik Verhagen is op 18 november 1763 geboren als zoon van Antonius Verhagen en Anna Henricus Vogels, allebei uit Sint-Oedenrode. Hendrik studeerde vanaf 1783 medicijnen aan de universiteit van Leuven. Half december 1787 schreef hij zich in aan de universiteit van Leiden en promoveerde daar op 12 januari 1788.
In datzelfde jaar, op 30 november, trad hij in het huwelijk met Justina Kock uit Baardwijk. Zij was weduwe. Zijn schoonvader was Adrianus Kock, rentmeester van de heerlijkheid Baardwijk.
Verhagen vestigde zich als arts in zijn geboortedorp. Hij was weliswaar geen grootgrondbezitter, maar toch ook niet onbemiddeld. Hij bezat een huis met schuur en bakhuis, akkerland en hooi- en weilanden.
Gezien zijn status en vermogen was het niet vreemd dat hij deel uitmaakte van het dorpsbestuur, vanaf 1794 de municipaliteit genaamd. Maar hij ambieerde blijkbaar meer op politiek gebied in deze roerige tijden van politieke omwenteling.
Op 6 juni 1795 werd hij afgevaardigde voor de Meierij van ’s-Hertogenbosch naar de vergadering van afgevaardigden van steden en landen van Bataafs Brabant. Namens het kwartier Peelland van de Meierij woonde hij van 11 juni tot 24 augustus 1795 de vergaderingen bij van de Provisionele Representanten (de voorlopige vertegenwoordigers) van het Volk van Bataafs Brabant.
Aansluitend ging hij als 'plaatsvervuller-Provisioneel Representant' mee naar Den Haag om daar mee te vergaderen over de nieuwe Staten-Generaal. Dat duurde tot 1 januari 1796. Op die datum werd Brabant volwaardig lid van de Staten-Generaal en maakten de ‘provisionele representanten’ plaats voor definitieve afgevaardigden. Verhagen bleef actief in de Haagse politiek als lid van de Commissie van Algemeen Welzijn, Informatie en Organisatie, en wel tot eind maart 1799.